MTs Negeri 5 Jember didirikan pada tanggal 15 juni 1980 atas prakarsa dari kepala KUA yaitu Bapak Chotib s. dan Penilik Pendais Bapak Mudzakir didukung oleh guru – guru agama, Kepala SDN dan Muspika Kecamatan

Dari hasil musyawarah yang dihadiri kurang lebih 40 orang adalah :

1. Membentuk Yayasan Pendidikan Islam dengan ketua Bapak Drs. H. Mustopo.

2. Mendirikan Madrasah Tsanawiyah Negeri Arjasa Tahun Pelajaran 1980/1981

3. Mengangkat Kepala Madrasah yaitu Bapak H. Satihan.

4. Tempat kegiatan belajar mengajar sementara di SDN I Arjasa

5. Jumlah murid 13 orang

6. Jumlah pengajar 5 orang

Pada tahun pelajaran 1981/1982, tempat kegiatan belajar mengajar dipindah ke jalan Letnan Suprayitno 24 menepati sebidang tanah milik Yayasan Pendidikan Islam dengan bangunan gedung cukup sederhana. Dan ditingkatkan lagi pada tanggal 12 Mei 1984 menjadi MTs Negeri Filial ( Jember II ) berdasarkan SK Dirjen Lembaga Islam No. Kep/E/PP.03.2/151/1984 Sebagai Kepala Madrasah pada waktu itu yaitu H. Satihan tanggal 12 Mei 1984 s/d 31 Januari 1994 dan H Thabarani, BA tanggal 05 Februari 1994 s/d 30 Juni 1997. Pada tanggal 25 Pebruari 1994 bertempat di gedung Madrasah Tsanawiyah Negeri Fillial Atas nama ketua Yayasan Pendidikan Islam Drs.H. Ahmad Mustopo telah menyerahkan tanah seluas 2.025 M2 kepada MTs Negeri jember II Fillial untuk dijadikan Madrasah Tsanawiyah Negeri penuh.Berdasarkan SK Menag RI No. 107 Tanggal 17 maret 1997 MTs Filial MTsN Jember II di Negerikan dengan nama Madrasah Tsanawiyah Negeri Arjasa

Dalam perkembangannya, MTsN Arjasa pada tahun 2010 berubah nama menjadi MTsN 5 Jember